目前，无论是慢性乙型肝炎还是肝硬化代偿期，或肝硬化失代偿期，都主张长期治疗。
指南规定：e抗原阳性的慢乙肝病人在发生e抗原血清学转换后，ALT复常、DNA检测不到后，还需至少一年巩固疗程;
而e抗原阴性的慢乙肝，在ALT复常、DNA检测不到后巩固治疗至少一年半。
长期治疗，不可逃避的问题——耐药指南的规定之中有“至少”两个字，这其中的潜台词就是两年或两年半实际也不够，延长治疗可以降低复发。但具体延长到什么时候，却并没有太多的数据。
总体来讲，慢乙肝的治疗，无论是e抗原阳性还是阴性，延长疗程能够降低复发概率，这是大家的共识，但具体要多久没有详细的建议。
但长期治疗就面临耐药的问题，而耐药却是个大问题。而解决耐药的问题，大体从以下几个环节入手。
要选择处于免疫活化期的慢乙肝病人，而非携带者。因为免疫耐受的人发生耐药的几率很高，而处于免疫活化期的患者本身机体免疫在和病*斗争，再加上药物就可以双管齐下，这样发生耐药的风险也会降低。
药物的选择即首先选择强效低耐药的药物，可以降低长期治疗耐药的发生。
适当应用联合治疗对于肝硬化且高病*载量的病人，可以建议初始联合治疗，主要是拉米夫定和阿德福韦的初始联合治疗。
但这两个药联合是否就比单用恩替卡韦效果好？目前没有太多的资料。此外，国产拉米夫定和阿德福韦联用的价钱还是比单用恩替卡韦便宜。所以，从经济等方面考虑，联合治疗也是一个降低耐药发生概率的方法。
耐药监测、随访使用核苷类似物以后，如果没有选择强效低耐药的药物，就一定要随访监测。一般以半年作为评价点，如果效果好，就继续使用;如果不好，就要赶紧进行调整。这是降低耐药发生的一个重要的手段。
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